söndag 28 februari 2010

Vi är två labbargrabbar

Man trodde ju faktiskt att T6 skulle bli full av tretimmars-arbetsdagar, men icke… Visserligen jobbar man på pappret 9 to 5, men det är ingen som håller klockan 17 som sluttid. Inte en enda dag denna vecka har vi kommit ifrån jobbet innan 18. Som nyblivna forskare drillas vi dagarna i ända i nya tekniker och Safety Work Procedures. Allt vi gör tar 3 gånger så lång tid som en riktig labbare gör det på. Vi har dock som mål att försöka komma ner till de där tretimmarsdagarna vi drömt om sedan vi för ett och ett halvt år sedan började planera resan.

Denna vecka har vi gjort första steget i vårt projekt. Det gick ut på att identifiera om de proteiner (=äggviteämnen) vi ska forska på finns i de tre olika celltyperna vi använder. Daniel skulle hitta sina AKAP149 och Rab32, jag skulle hitta KIF3A. På måndagen (eller om det var förra fredagen) började vi med att ta lysera (=avdöda) de celler vi skulle använda. Efter diverse proteinanalyser och isolering av RNA (=ett mellansteg i produktionen från arvsmassa till färdigt protein) och lipider (=fett) började vi på onsdagen förbereda för vår allra första Western Blot, som skulle påbörjas på torsdagen och avslutas på fredagen. Western Blot är inte så spännande eller komplicerat som det låter. Det går ut på att man stoppar en viss vätska man vill analysera för proteiner i en gelé-lik massa, låter en ström gå igenom gelén och låta provet vandra genom gelén. För att ta reda på hur det ligger till med proteininnehållet i provet går man genom ett visst antal steg som till slut resulterar i att man framkallar en bild på vanligt ljuskänsligt fotopapper i ett alldeles vanligt mörkerrum. Kortfattat får jag alltså ett fotobevis på om mitt eftersökta protein finns i mina celler (=analyserat prov).

Fredagen slutade med att vi utan övervakning fick lysera våra egna makrofager (=kroppens egna dammsugare som tar upp skräp och bakterier) för protein- och RNA-analyser. Jag har nog aldrig dubbelkollat en labbeskrivning så många gånger som då. Men jag och Danne höll våra huvuden kalla, och til slut…SUCCESS. Vår första lab-procedur utan övervakning lyckades. På måndag får vi iofs se om vi gjorde rätt när vi ska använda resultaten vi frös in i vår walk-in-minus-twenty vi har där. Vi brukar tänka på Sverige när vi går in där och myser i kylan, sen går vi ut o tänker att det nog ändå är lite bättre med värme.

Vi har i veckan fixat rätt mycket saker. Kopierat nycklar till lägenheten, köpt internet och hittat ett nytt favvo-lunchställe. CHOY’S är stället att gå till för mongolisk mat. Nudelsoppan där is verkligen the shit och jag skulle kunna äta den soppan till frukost, lunch och middag om någon tvingade mig. Vi har också fått pengarna som vi sökt från CSN för flygbiljetterna, så nu är vi ekonomiskt på köl igen.

I torsdags skulle jag till jobbet vid sju och jag tog en löprunda innan, så jag gick upp klockan 5. Så fort jag kom utanför dörren gick det en läskig pensionär på andra sidan som stannade bakom ett träd, stack fram huvudet och bara tittade på mig. Och han fortsatte titta. Jag sprang livrädd därifrån, det var troligen någon som var på jakt efter mig. Samtidigt satt det en byggarbetare i en pickup vid vår dörr som tog upp ett block och började skriva när jag kom ut från lägenheten. Jag blev paranoid och tänkte att lägenheten var under övervakning. Sedan hjälpte det inte att när jag kom fram till första korsningen tändes ett par billyktor framför mig. Bilen rivstartade, korsade vägen och tvärnitade precis bredvid mig. Den hade mörka rutor så jag såg inte in i den, men jag tänkte att det var bättre att springa snabbt än att stanna och vänta för att se vad som hände. När jag vände mig om efter 100 meter såg jag att det var tidningsbudet som korsade gatan som en idiot för att slänga ut att slänga ut tidningshögar till alla butiker som finns på gatan. Där fick vi svaret på vem som väcker oss varje morgonen med vrålande motor. Löpandet gick därifrån utan problem.

På fredagen blev det sent avslut på labbet. Direkt hem och börja grilla lammkotletter och sedan filmkväll i vårt kollektiv The Kangabangas! Changeling är ingen bra film att se en mysig fredag, men det var väldigt bra. Vi var tvungna att sätta på lite glad musik för att inte lägga oss alldeles deppiga och ledsna. I helgen väntar fint väder så vi tänkte att vi ska göra Bondi Beach.

//Oskar

tisdag 23 februari 2010

Bilder



Mega-sushi första dagen!

Ni får en bild till att börja med, fattar jag hur man gör det lite smidigare så kommer det fler.

/Oskar

söndag 21 februari 2010

No no, it's for you, you just clean it up a bit and it's a home

Ja, mycket kan man säga om folk som hyr ut lägenheter i andra hand. Men min värd tar nog priset. Killen är flyttgubbe, men han vet inte hur man flyttar själv...eller städar en lägenhet för den delen. Set ser verkligen ut som ett stort råttbo när vi kommer in med vår packning på lördag klockan 18.00. Han ringde klockan 14 och sa att vi kunde komma när vi ville, men vi tänkte att klockan 18 var bra för då fick han mer tid att städa och flytta ut grejer. Han avslutade samtalet med att fråga om vi kunde komma och hjälpa honom städa, vi trodde självklart att han skämtade, så vi kom ju inte tidigare.

Väl där förstod vi: Han skämtade inte. Hela stället är en fruktansvärd röra! Han har papper överallt, helt random grejer ligger över hela lägenheten. En sko här, tre kaffemuggar där. Skruvar överallt. Köksmaskiner till förbannelse som inte är inkopplade. Tänk på vilken SKIT som helst och du hittar det där. Det är som om han impulsköper saker hela tiden och inte göra något med det. Hela köksbordet var proppat med grejer. Bland annat ett skärp, block med hans anteckningar, skruvar, kaffemuggar och annat bråte. Jag frågar: "Do you want me to put this in a box for you?" varpå han säger: "No no, it's for you. You can use all this stuff. You just clean it up a bit and you have a home."

Tacka fan för det (ursäkta språket) men vi städade lägenheten i två timmar sedan han hade gått (han gick klockan halv nio). Söndag morgon vaknade vi och började städa lägenheten klockan 10. Vi lade ner klockan 22. 12 timmar. Varav 3 jag stod och gnuggade fett från spis och fläkt i köket. Vi använde allt hans rengöringsmedel. Det konstigaste är ju att han hade en hel drös med fina o starka städmedel, men han kan aldrig ha använt dem. 12 timmar söndag. Vi har inte gjort klart allt än. Vi har två skåp som måste tvättas ur och porslinet diskas om, och sen ska vi stoppa in all hans crap i ngn garderob.

Ulrika o Danne gjorde ett hästjobb med sovrummet och gjorde det skitsnyggt. Ulrika gjorde badrummet med klorin. Ingrid jagade spindlad i och på kylskåpet. Mer än hälften av hans mat hade gått ut så vi slängde sånt. När allt detta var gjort söndag kväll köpte vi indisk mat och bara slängde oss däckade i soffan och tittade runt. Vi konstaterade att lägenheten i sig är en av de häftigaste och finaste vi har sett. Planlösningen är häftig, sovrummet stort, köket kombinerat med vardagsrummet och en balkong med morgonsol. Hur någon har kunnat skita ner så mycket i en så fin lägenhet är obegripligt. Den är gammal med trägolv och orginaldörrar. Jag ska försöka lägga upp bilder så fort som möjligt!

Idag har det varit över 40 grader i solen.

Om du har lite stökigt...tänk bara: "Clean it up a bit and you have a home"

//Oskar

fredag 19 februari 2010

Kort inlaegg fraan Coogee Beach

Location: Internetcafe paa Coogee Bay Road
Time: 3.35 PM
Plan: Smoothie-bying and sun tanning

I morse vaknade vi och flytt stod paa schemat. Utcheckning och lite frukost vid halv 10. Sen aakte vi taxi till vaart kontor paa UNSW och slaengde in vaar packning daer, vi taenkte att det aer lite boekigt att ta med den till stranden hela dan innan vi kan komma aat laegenheten. Promenad ner till stranden och ett inkoep av glass blev faktiskt noodvaendigt. Ikvaell flyttar vi in i lagenheten om allt gaar som det ska.

Nu ska jag gaa och koepa en banan-smoothie och laegga mig paa stranden, vad ska du goera?

//Oskar

torsdag 18 februari 2010

På 29 Clovelly Road händer DET

Sedan i måndags har det hänt en del saker. Det största och bästa som hänt är väl att tjejerna lyckades få tag på en lägenhet. Jag och Daniel var självklart på jobbet och tjejerna lediga (det brukar vara så att de kan hänga på stranden medan vi måste vara på jobbet och göra riktiga saker…). Vi satt och läste artiklar om ApoE och hur dess sekretion regleras, när Ingrid ringer och är helt till sig och säger att de är och tittar på en lägenhet. Det hela slutade med att de gick därifrån med ett 4-månaderskontrakt. Vi firade det hela med att bjuda tjejerna på kvällsmat på strandpromenaden.

Något som ingen någonsin har berättat för mig är att Sydney är så grymt backigt. Man kan inte gå någonstans utan att antingen gå nedför eller uppför en gigantisk backe. Det är inte riktigt så farligt i centrala och västra Sydney, men den östra delen är helt galen. Och som sagt är det vänstertrafik och det gör promenerandet på gatan lite mer komplicerat, iaf nu i början. När man springer på gatan är det läge att hålla koll på vilken sidan man springer på så man inte blir påkörd av en bil eller cyklist.

Igår var vi alla fyra och tittade på lägenheten vi ska hyra. Den ligger på våningen ovanför en djuraffär där vi kan få våra ansikten, fötter och svansar omhändertagna, vilket ju är bra. Vem vill inte ha lite svansmassage? Killen vi hyr av är Israel och skall tydligen till sin farm i Perth i ungefär 4 månader och bygga ett hus. Adressen är 29 Clovelly Road och ligger precis nära en jättestor park där man kan cykla, springa o göra allt möjligt. Vi kommer även bo nära en hästkapplöpningsbana, vi tänkte att vi skulle skrapa ihop till vår hyra där.

Det har inte blivit så många felsägningar som jag trodde, men igr drog jag en riktig tabbe i lunchkön när jag skulle säga att jag ville ha rödbetor på min sallad och sa ”redbeet”. Ingrid som stod bredvid mig började skratta och tjejen som skulle göra min sallad fattade nada…och jag blev självklart tomatröd i ansiktet. Rödbeta heter ”beetroot”, så egentligen var det ju inte någon grav felsägning, men kul.

Löpningen i Sydney är fantastisk. Det är frågan om man inte skulle ta och deportera alla löpare och cyklister hit och skeppa bort alla icke-idrottare. Alla vackra vyer, fina gator och branta backar skulle passa perfekt för vilken idrottare som helst. Och de som får träningsvärk av att gå i en trappa kan ju faktiskt ta och bo i Danmark där de inte har några backar…. Men nu ångrade jag mig, det är så vackert och härligt här i Sydney så egentligen borde alla människor i hela världen bo här.

//Oskar

onsdag 17 februari 2010

Detta håller jag på med (icke-lekmannabeskrivning)

Bakgrund kinesiner
Kinesiner är mikrotubiliberoende motorproteiner som deltar i multipla cellulära funktioner såsom vesikel och organelltransport samt mitos. Medlemmar i Kinesin-II-familjen trafikerar först och främst i anterograd riktning och är kända för att delta i vesikel och melanosomtransport. Apolipoprotein E (ApoE), ett protein som är känt att spela roll vid Alzheimers och atherosklerosprotektion, är beroende av ett mikrotubulinätverk för sekretion. Då sekretion av ApoE från celler som makrofager och astrocyter är viktigt för dess funktion, är det viktigt att fastställa de molekylära mekanismer som underligger ApoE-trafikering och sekretion. Detta kommer öka vår förståelse för sjukdomsprevention och behandling av både atheroskleros och Alzheimers sjukdomar.

Mål
Projektet kommer att undersöka om motorer från Kinesin-II-familjen är involverade i ApoE-sekretion från makrofager från människor.

Bakgrund Kinesin-II-experiment
Kinesin-II-motorer kan delas in i två subfamiljer: heterotrimera (består av de tunga kedjorna KIF3A och KIF3B och den lätta kedjan KAP) och heterodimera (bestående av två tunga KIF17-kedjor). Experimenten kommer att avgöra om någon av dessa subfamiljer av Kinesin-II har någon roll i sekretionen av ApoE.

Metoder
Isolering och odling av human-monocyte-derived-macrophages (HMDM)
Användning av cellinjer som uttrycker ApoE (HEK293 och CHO)
DNA-analys med PCR
Proteinanalys med Western Blotting
Proteinsekretionsanalys med ELISA
Knock-down av proteiner med siRNA
Confocal-mikroskopi
Viabilitetstestning och LD-analys

Det kommer en mer vardaglig version senare så att ni förstår.

//Oskar

tisdag 16 februari 2010

The Sydney gear is on

Vi kommer till campus runt halv tio och tar en sväng runt området, byter om till långbyxor på toans cafeteria för att sedan gå och gå och knacka på den byggnaden vi ska vara i. Vi blev insläppta och fick skriva in oss på besökslistan för att sedan åka upp till Wendy och hennes crew. Väl där, efter 4 säkerhetskortsswipe, träffade vi vår ena hands-on-handledare Maaike. Hon är tillsammans med Donna den som ska handleda oss praktiskt, och det är egentligen deras personliga forskningsprojekt vi ska hjälpa till med. Båda Maaike och Donna jobbar under Len Kritharides. Len är egentligen en kliniskt arbetande kardiolog men leder forskningen kring makrofager och ApoE-utsöndring tillsammans med Wendy. Alla ord tänkte jag förklara lite senare. Ni får fantisera lite till om vad de egentligen innebär.

Vi blev presenterade för Len av Maaike. Han är egentligen bara på labet 1 dag i veckan, övrig tid är han på sin kardiologiklinik. Nu är han här i två veckor för att skriva anslagsansökningar till sin forskning. Så den lille mannen springer runt på kontoret hela tiden nu. Det första han sa var: ”Hi guys, I see you got your Sydney gear on”. Varken jag eller Danne förstod vad han menade, men jag tog det som en komplimang (det är ju skönt att veta att man ser local ut) och Danne tog det inte lika bra (han fick intrycket av att Len tyckte vi såg för slött klädda ut).

Vi fick sedan våra skrivbord och hookade upp oss på nätet för att se att allt funkade. Vi gick till ett café på campus med Maaike, Donna och Nick för att dricka lite kaffe och få ett välkomstsnack. Det tog säkert 10 minuter att gå till cafét, men det var tydligen det bästa kaffet. Alltså är kafferasterna med svenska mått mätt rätt långa. Från våra platser på kontoret ser man in i hela labet, det är en enda stor glasvägg mellan de två rummen. Vi sitter i landskap med ca 12 personer.

Vi fick sluta kl 2 första dagen. Med oss hem fick vi 3 artiklar och 2 projektbeskrivningar. Vi skall alltså bli uppdelade på 2 olika projekt. Ett handlar om AKAPs och ett om Kinesin-II. Båda proteinerna har med utsöndring av ApoE att göra, och vi kommer göra exakt samma labarbete, så vi kommer nog att göra väldigt lika arbeten men med olika slutresultat. Efter skummande av artiklar och läsande av beskrivningarna bestämde vi oss för att Danne tar AKAPs med Maiike och jag tar Kinesin-II med Donna.

Eftermiddagen spenderade vi på stranden. Det var hur soligt som helst och självklart var det bara att slänga på sig faktor 30. Vi badade länge i det 23-gradiga vattnet, och kände oss som små barkbåtar i de stora vågorna. Man slängdes säkert ett tiotal meter när det kom en riktigt stor våg. Lägenhetsletandet började idag, men tyvärr utan resultat och vi hade planer på att stanna på hostelet en vecka till. Jetlagen har inte riktigt släppt ännu, så vi är rent ut sagt skittrötta på kvällarna, förutom Danne som på nåt sätt är pigg på kvällarna o seg på mornarna. Så…somnade runt 21.

Såhär kan en forskarstudents måndagar se ut!

//Oskar

måndag 15 februari 2010

Bring the 30

Den person som har fixat allt så att vi kan komma hit till Sydney är Wendy Jessup. Hon har styrt och ställt med visum, projektbeskrivning och fixat två personliga labhandledare till mig och Daniel. Klockan 10 på söndagen mötte vi Wendy utanför vårt hostel för att lära känna varandra lite och för att åka till University of New South Wales (UNSW) och kolla på labet och kontoret där vi ska hålla till. Wendy är väldigt trevlig och tillmötesgående. Vi åkte sen till UNSW och kollade runt lite på campus. Vi håller till i en helt nybyggd del som heter Lowy Cancer Research Center, en helt grön byggnad. Väldigt high tech, swipecards överallt och stora panoramafönster. Labet är hur fräscht som helst och bara använt i en månad, och jag och Daniel får en egen bänk och två egna skrivbord där vi ska lösa gåtan med atherosklerosplackens regress.

Eftermiddan spenderade vi alla fyra inne i Sydney Center. Vi gick självklart och tittade på Operahuset och Sydney Bridge. Vi hittade en opera som vi tänkte gå på någon gång snart, bara för att ha varit där på någon riktig föreställning och inte bara använt toan… Vi traskade sedan igenom den Botaniska Trädgården i hamnen. Den var grymt vacker, det fanns massor av fåglar och vissa träd såg ut att komma direkt från Sagan om Ringen.

Efter att ha lurat till oss ett TravelTen-kort till studentpris åkte vi bussen hem till Coogee igen. Matlagning och lite kvällshäng innan vi somnade. Vi är fortfarande rätt jetlagade, somnar tidigt och vaknar tidigt. Men det är faktiskt inget jag klagar på. Jag fick tom med mig Ulrika på en morgonlöpning första morgonen, det har nog aldrig hänt i hennes liv. Jag har än så länge kommit upp varje morgon (3 st) och sprungit eller gått, det är så grymt att gå eller springa på strandpromenaden och se alla vågor och vindar som slår emot klipporna.

Än så länge har det spöregnat någon gång varje dag här, bara så ni vet finns skitväder här nere också. Men när väl solen kommer fram är det som om man befinner sig i Saharaöknen, helt galet varmt. Som Wendy sa: ”Here we got sun protection with factor 30 minimum, not the ridiculous ones you got in Sweden with factor 7 and 10”. Så…kommer ni och hälsar på, bring the 30!

//Oskar

söndag 14 februari 2010

1028 km/h

Snöstormar i Frankfurt gjorde att vi fick förseningar från start. Men efter dryga timmen fick vi lyfta från Arlanda och pallrade oss ner till Tyskland. Där väntade 4h av väntan så vi dödade dem genom att äta Big Tasty Bacon på McD och kolla in flygplatsen by night. Frankfurt har alltså en STOR flygplats. Rätt knepigt att hitta rätt när man ska någonstans. När vi gick igenom säkerthetskontrollen fick jag ta av mig kläder och skor och de trodde att jag hade farliga saker i skorna så de fick scannas separat och vakten gav surt tillbaks dem till mig när han inte hittade något farligt. Till slut fick vi komma ombord på vårt plan mot Singapore. Det var ett sånt där superduperstort plan med två våningar och typ 450 passagerare. Den rackarn tog oss till Singapore på tolv timmar och där fick vi stiga av planet i 30 minuter för att gå på samma plan igen efter tankning och städning. Nu var det bara 7h flygning kvar, men ca 6h av dom var fulla av turbulens. Tydligen på grund av något dunderåskväder över Australien just samma natt som vi flög. Lyckligt ovetandes om detta trodde vi att det var normalt att det skulle studsa så mycket. Flygplanet flög i 102 km/h oxå, rätt ballt.

Vi kom till passkontrollen och tjejerna smet igenom utan problem, men (inte oväntat) var det problem för oss. Våra pass-scanningar visade "FAILED" i stor röd text över skärmen, men vakten var schysst och de aktiverade våra pass och visa så vi blev inte satta i fängelse. Droghunden var intresserade av oss, jag var rädd att mina skor skulle ryka igen, men jag klarade mig denna gång.

Taxi till hostelet, bla bla bla, frukost på strandpromenaden, incheckning, rundvandring i Coogee och sen lite jet-lag sömn. Uppvakning, promenad längs havet i spöregn, sushirestaurang med världens största sushibitar, hemgång och däckning i sängen till Star Wars.

Detta var första dan.